Dr. Yung, um enigmático cientista Pokémon, desenvolveu um novo sistema Mirage que usa dados de computador para ressuscitar Pokémon extintos, como Kabutops e Armaldo. O Professor Oak, Ash e seus companheiros aparecem na Mansão Mirage a convite do Dr. Yung e assistem a uma demonstração das capacidades da máquina. No meio de uma batalha entre o Mirage Pokémon do Dr. Yung e Ash, a máquina fica descontrolada e um Mirage Aerodactyl aparece e sequestra o Dr. Yung. Um homem que se autodenomina “The Mirage Master” aparece e anuncia a todos que o Mirage System pode ser usado para criar Pokémon sem nenhuma fraqueza. Ash, Misty e o Professor Oak lutam para parar o louco e escapar com vida.