Em um mundo chamado Diamond Domain encontra-se a poderosa Heart Diamond , em que serviu como fonte de energia ao reino e mantém o País Ore por séculos. Vários Melecie todos vivem no país referenciado, incluindo a sua princesa, a Pokémon da Joia Diancie que criou o diamante poderoso. No entanto, ela não tem mais o poder de controlar o Heart Diamond e seu país está a cair no caos como a vida do diamante está caindo aos pedaços.
Um dia, ela encontra-se com Satoshi e seus amigos e pede a eles para ir em uma jornada para encontrar o Pokémon da Vida Xerneas, a fim de restaurar o Heart Diamond de volta à vida. Mas que está em seu caminho é o Pokémon da Destruição, Yveltal, que uma vez roubou toda a vida na Região Kalos. Durante sua jornada, eles também são atacados pela Equipe Rocket, assim como ladrões de jóias Marilyn Flame e o Ninja Riot. Eles são auxiliados por Millis Steel e seu pai Argus, os viajantes que também enfrentam o Casulo da Destruição.