No advento do século XXI, grande parte da humanidade estava morta, tendo sido pisoteada por um novo mestre, Godzilla. Poucos na humanidade foram selecionados para as estrelas em um navio espacial chamado Aratrum em busca da “terra prometida”, o planeta Tau-e que poderia sustentar a vida humana. Mas o plano de migração falha e os remanescentes da raça humana decidem retornar à Terra. Mas as distorções no espaço-tempo e a distância percorrida significam que a humanidade está retornando a uma Terra completamente alterada cerca de 20.000 anos depois. Os retornados, liderados pelo herói Haruo, se preparam para lutar contra Godzilla com base em uma estratégia que já dura 20 anos. Realizados com a ajuda de duas espécies exóticas, o Exif e o Bilusaludo, os humanos conseguem derrotar Godzilla em uma batalha cara até a morte.
Mas a vitória é de curta duração. Nascendo das profundezas do planeta está uma nova raça de monstros, apelidada de “Godzilla Earth”. Evoluindo por 20.000 anos, a criatura tem 300 metros de altura, pesa mais de 100.000 toneladas e exerce um poder tão destrutivo que Haruo e sua empresa não têm escolha a não ser fugir de suas vidas.
No entanto, Miana, membro de uma tribo indígena chamada Houtua, vem ao resgate de Haruo. Eles são as primeiras pessoas humanóides que os retornados encontraram. Eles poderiam descender dos humanos? “Nosso deus tribal foi destruído por Godzilla. Tudo o que nos resta são esses ovos. Quem tentou lutar ou resistir a ele foi afogado no fogo”, dizem as pessoas da tribo a Haruo, que responde com: “Esta é a nossa última esperança de recuperar nossa casa. ”
Enquanto isso, Galu-gu, comandante de Bilusaludo, fica entusiasmado ao descobrir que as pontas de flecha da tribo Houtua são feitas de nanometal ou metal auto-sustentável. Foi desenvolvida no século XXI como uma arma assassina “anti-Godzilla”, lançada em sua batalha decisiva travada no sopé do Monte. Fuji, mas havia sido destruído antes que pudesse ser ativado na forma de um “Mecha-Godzilla”. O nanometal era sua substância base e prova de que a fábrica ainda pode ser usada.
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