Uma porta se abre e um selo dourado quebra uma estrela.
É o início do século XXI. A humanidade perdeu a batalha pelo planeta Terra para Godzilla e foi às estrelas em busca de um novo lar. Mas a busca termina em vão, forçando eles e seus aliados alienígenas de volta à Terra. Mas 20.000 anos se passaram na ausência deles, e a Terra é um lugar totalmente diferente.
A flora e fauna do planeta agora incorporam e servem Godzilla. A Terra é o planeta de um monstro, governado pelo maior Godzilla de todos os tempos, a 300 metros de altura. Godzilla Earth.
O protagonista humano, capitão Haruo, anseia por derrotar Godzilla e retomar o planeta para a humanidade. Lá, ele conhece descendentes indígenas da raça humana, a tribo Houtua. As irmãs gêmeas Houtua, Maina e Miana, o levam aos restos esqueléticos de Mecha-Godzilla, uma velha arma anti-Godzilla, que para a surpresa de todos ainda está viva na forma de nanometal auto-gerador. Retirados da carcaça de Mecha-Godzilla, os nanometais foram gradualmente reconstruindo uma “Cidade Mecha-Godzilla”, uma arma potencial capaz de destruir a Terra de Godzilla.
À medida que a estratégia se desenvolve, uma fenda se forma entre os humanos e o Bilusaludo, uma das várias raças alienígenas que se juntaram aos humanos em seu êxodo da Terra. O líder deles, Galu-gu, acredita que o segredo para derrotar Godzilla está no uso de poderes sobre-humanos – a integração nanometal -, mas Haruo resiste, temendo que, ao derrotar monstros, eles não devam se tornar monstros. Haruo finalmente usa seus meios para derrotar Godzilla Earth para destruir a cidade de Mecha-Godzilla, a fim de impedir a assimilação nanometal, matando Galu-gu. No entanto, seu amigo de infância, Yuuko, foi absorvido pela integração nanometal e entrou em coma cerebral.
A raça humana, mais uma vez, está perdida. Metphies, comandante da raça alienígena sacerdotal, Exif, se maravilha com a milagrosa sobrevivência de Haruo, ele começa a atrair seguidores. O Exif secretamente abrigou esse resultado como seu “objetivo final”. Miana e Maina emitem avisos contra Metphies, enquanto Haruo começa a questionar o próximo passo da humanidade.
Sem meios para derrotar Godzilla Earth, a humanidade observa como o rei Ghidorah, vestido com uma luz dourada, desce sobre o planeta. A terra treme mais uma vez com a guerra se movendo para uma dimensão mais alta.
O que é Godzilla exatamente? A humanidade tem uma chance? Existe uma visão futura nos olhos de Haruo? Descubra no final.
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