Três anos se passaram desde o fim da série de mangá original. The Earth and the Jovian Federation have come to an uneasy peace. A Terra ea Federação de Júpiter chegaram a uma paz inquieta. However, Akito and Yurika have both vanished, presumed dead, and a new threat to peace is rising. No entanto, Akito e Yurika ambos têm desaparecido, dado como morto, e uma nova ameaça para a paz está aumentando.
A grown-up Ruri Hoshino, as the new captain of the highly-mobile battleship Nadesico B , sets out to solve the mysteries. Um adulto Ruri Hoshino, como o novo capitão do navio de guerra altamente móvel Nadesico B, prepara-se para resolver os mistérios.
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