Anteriormente um assistente do Professor Platane de Miare City, Alain e seu Lizardon partiram em uma jornada para se tornarem ainda mais fortes, dominando os poderes da megavolução. Investigando os mistérios deste fenômeno, a mando da enigmática Fleur-de-lis, Alain e Lizardon viajam por Kalos e Hoenn em busca de treinadores capazes que possam usar a megavolução para melhorar, bem como ajudar Fleur-de lis com sua pesquisa. Ao longo do caminho, eles encontram uma jovem chamada Manon que, com seu Harimaron, decide acompanhar Alain, com o que ele relutantemente concorda.
Pokémon XY: Mega Evolution segue Alain e Lizardon em sua jornada para se tornarem os usuários mais fortes da megaevolução, enquanto também luta contra monstros lendários para proteger as ambições de Fleur-de-lis, bem como a segurança daqueles mais importantes para ele.